厚生労働省の補助事業として、医療安全支援センターの円滑な事業運営のための支援が行われています。2018年（平成30年）からは一般社団法人医療の質安全学会が総合支援事業を運営しています。 
2012（平成24）年度 事業内容
各地の医療安全支援センターを総合的に支援することを目的に、6つの施策を実施します。
1．初任者研修の実施【実施時期：2012/5～7】
センター職員のうち、苦情・相談対応の経験が概ね1年以下の初任者を対象に、相談を受ける際の基本的な姿勢や技術を学ぶことを目的として、全国4ブロックで初任者研修を開催します。
2. 実践研修およびブラッシュアップ研修の実施【実施時期：2012/10】
すべてのセンター職員を対象に、センターに寄せられる相談に関連した他の機関の活動、医療機関における医療安全や相談対応の活動を知り、センターの役割と今後の連携を考えることを目的として、東日本（東京）・西日本（京都）の2ブロックで実践研修を開催します。
※医療機関の安全管理・患者相談部門職員の参加を認めます。
また、初めての試みとして、実践研修の翌日にセンター職員を対象にブラッシュアップ研修の開催を予定しています。
3．ジョイントミーティング（JM）の開催【開催時期：2012/7、2013/1】
センター職員の経験交流の場、情報交換の場、各センターの取り組み発表の場として、または医療機関等への情報発信の場として、ジョイントミーティング（JM）を開催します。
※JMの一部は医療機関の安全管理・患者相談部門職員の参加を認めます。
4．教訓的事例等に関する情報提供【情報提供期間2012/4～2013/3】
当ホームページを、センターの認知度を高めたり、センターへのアクセスをしやすくしたりするためのツールとして位置づけ、コンテンツの拡充を図ります。
5．医療安全支援センター実態調査の実施【実施時期：2012/8～2013/3】
各センターの設置状況および運営状況について調査を行い、その結果を情報公開します。
6．その他、医療安全支援センターを支援する事業【実施期間：2012/4～2013/3】
以下、（1）から（6）の支援を行う予定です。
（1）支援者の支援（研修企画・運用サポート）
（2）病院・住民へのモデル研修の実施
（3）センター経験者のネットワーク構築
（4）相談支援者のネットワーク構築
（5）情報更新の迅速化
（6）事務連絡担当者のメーリングリスト構築とセンター職員有志との連絡体制強化
